Ulama Syekh Ali Jaber meninggal dunia pada Kamis (14/1/2021) pagi pukul 08.38 WIB, setelah 19 hari dirawat di RS Yarsi, Cempaka Putih, Jakarta Pusat. Manajer Humas dan Pemasaran RS Yarsi, Elly M Yahya, mengatakan Syekh Ali Jaber meninggal di ruang ICU. "Telah meninggal dunia Syekh Ali Jaber pada usia 44 tahun di ruang ICU Rumah Sakit Yarsi setelah menjalani perawatan selama 19 hari," ujar Elly, Kamis, dilansir .

Kepergian ulama asal Madinah ini meninggalkan duka mendalam bagi keluarga, tokoh, dan umat Muslim lainnya. Diketahui, Syekh Ali Jaber sempat berpesan pada anak anaknya sebelum meninggal dunia. Anak pertama Syekh Ali Jaber, Alhasan Ali Jaber, mengatakan sang ayah sempat berpesan padanya untuk menjaga salat.

Pesan tersebut, kata Alhasan, disampaikan sebelum Syekh Ali Jaber meninggal. Tak hanya itu, Syekh Ali Jaber juga berpesan agar anak anaknya senantiasa menjaga ibunda. Lebih lanjut, Alhasan mengungkapkan sang ayah memiliki keinginan untuk dimakamkan di Lombok.

Hal ini pernah dikatakan Syekh Ali Jaber semasa ia hidup. Namun, kepastian tempat pemakaman Syekh Ali Jaber masih menunggu kabar dari Jakarta. "Ya, kita usahain nanti diurus dulu belum ada kabar. Orang lagi repot semua di sana lagi ngurus semua."

"Kalau memang bisa dan tidak ada kendala apa apa kita makamkan di sini (Lombok)," pungkasnya. Presiden keenam RI, Susilo Bambang Yudhoyono (SBY), menyampaikan ucapan duka cita atas kepergian Syekh Ali Jaber. Lewat cuitan di Twitter pribadinya, @SBYudhoyono, SBY mendoakan agar almarhum Syekh Ali Jaber.

Inna lillahi wa inna ilaihi raji'un. Dengan rasa duka yang mendalam, saya mendoakan kiranya Allah Swt menerima berpulangnya hambaNya yg soleh ~ Syekh Ali Jaber. Semoga sang Kholik juga menerima segala amal ibadah almarhum dan husnul khatimah, " cuit SBY, Kamis (14/1/2021). Lebih lanjut, SBY pun mengungkapkan bagaimana sosok Syekh Ali Jaber menurutnya.

SBY menilai Syekh Ali Jaber sebagai ulama yang teduh. Ia juga menuturkan, ceramah dan fatwa Syekh Ali Jaber tidak pernah mengandung kebencian, justru mencerdaskan umat Muslim. SBY mengaku selalu merasa tenteram saat mendengar ceramah Syekh Ali Jaber.

Saya mengenal almarhum sebagai ulama yg teduh. Syiar & fatwanya mencerdaskan umat. Tutur kata Syekh Ali Jaber jauh dari kebencian (hatred) & juga bukan permusuhan (hostility). Mendengarkan ceramahnya, hati saya tenteram & bersyukur karena itulah ajaran Islam yang sejati," bebernya. Kepergian Syekh Ali Jaber juga meninggalkan duka bagi Nahdlatul Ulama (NU).

Sekretaris Jenderal NU, Helmy Faisal Zaini, mengucapkan duka cita atas meninggalnya Syekh Ali Jaber. "Innalillahi wainnailaihi rojiun. Keluarga besar Nahdlatul Ulama berbelasungkawa atas bepulangnya Syekh Ali Jaber." "Semoga Husnul Khotimah dan diampuni segala kesalahannya," ujarnya, Kamis (14/1/2021), dikutip dari .

Helmy mengungkapkan selama ini dakwah dan nasihat Syekh Ali Jaber selalu menyejukkan umat karena selalu menyampaikan nilai nilai kebaikan. Ia pun mengajak masyarakat Indonesia, terutama warga NU, untuk meneladani sikap Syekh Ali Jaber. "Saya mengajak kepada masyarakat Indonesia, khususnya warga NU untuk meneladani kegigihan dan sikap sikap arif yang dilakukan oleh beliau semasa hidup," tandasnya.

Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menkopolhukam), Mahfud MD, mengungkapkan bagaimana sosok Syekh Ali Jaber semasa hidup. Menurut Mahfud MD, Syekh Ali Jaber merupakan penyambung aspirasi antara umat dan pemerintah. Ia juga mengatakan saat ini umat Muslim kehilangan ulama penyejuk dan pemersatu umat.

Inna lillah wa inna ilaihi raji'un. Kita kehilangan tokoh penyejuk dan pemersatu ummat. Ulama besar Syech Ali Jaber wafat hr ini. Beliau menjadi penyambung aspirasi antara ummat dan Pemerintah. Beliau adalah sahabat baik sy. Krn rendah hati beliau memanggil sy "Guru" atau "Ayah", " cuit Mahfud MD di Twitternya. Mahfud MD menuturkan Syekh Ali Jaber sempat memberinya hadiah sebelum terinfeksi Covid 19.

Kala itu, Syekh Ali Jaber datang ke rumah Mahfud MD membawakan tasbih, kurma, buku doa, dan parfum.